No que diz respeito à logística, privilegiou-se a rapidez das operações, sustentada por um layout estudado para a eficiência da carga\descarga, armazenagem, manipulação, venda, distribuição e apoio administrativo. As boxes possuem cais de acostagem privativos e estão equipadas com pontos de água, electricidade e esgotos, telecomunicações e frigo-difusores para a refrigeração. Os escritórios existentes nas boxes dispõem de iluminação, tomadas de electricidade e infra-estrutura de telecomunicações e de climatização.

Outro aspecto fundamental, dada a polivalência do MARL e a extensão de área comercial, foi a climatização dos Pavilhões. Existe um controlo de temperatura nas zonas comuns durante o horário de venda e, além disso, grande parte dos espaços de transacção grossista possuem isolamento térmico, sendo, portanto, climatizáveis nas condições de controlo de temperatura e de higrometria, no caso das flores, condições indispensáveis à armazenagem dos diferentes produtos.

Na área das telecomunicações foi instalado um dos maiores PPCA (central telefónica) instalados em Portugal, que terá, nesta fase, cerca de 2500 extensões analógicas e digitais. Tem características idênticas às de uma pequena central pública, com funcionalidades acrescidas, e que permite a ligação de sub-centrais de clientes. Como benefício adicional para as empresas instaladas no MARL, foi acordado com a Portugal Telecom que as chamadas internas seriam gratuitas.

Paralelamente, uma rede integrada de Gestão Técnica Centralizada assegura a monitorização dos equipamentos e dos consumos, pelo que se consegue uma eficaz gestão energética, obtida através da minimização de consumos e da redução das perdas.

Graças à complexidade da rede de frio existente no MARL e à racionalização dos consumos energéticos, o Mercado Abastecedor da Região de Lisboa, obteve o prémio UIE 2000, galardão internacional atribuído pela International Union of Electricity que premeia um projecto inovador na racionalização energética.